Lasciato il belvedere, raggiungiamo la basilica di S. Tommaso, seguendo il vialetto che costeggia S. Stefano, la cappella di S. Maria degli Angeli e l'abside occidentale di S. Felice. La basilica cimiteriale di S. Tommaso fu costruita, tra VI e VII secolo, sul terreno depositato dalla già ricordata alluvione. Dal 1551 la chiesa risulta dedicata a S. Tommaso, ma non è possibile accertare se la reliquia dell'apostolo che Paolino di Nola depose nell'altare della basilica nova agli inizi del V secolo corrisponda a quella che nel 1809 era conservata nella basilica di S. Tommaso. Nel 1615 la chiesa era officiata solo in occasione della festività dell'apostolo, una consuetudine che venne meno a partire dal 1675 per la mancanza di adeguate risorse finanziarie. Dopo un lungo periodo di abbandono, l'edificio fu restaurato nella seconda metà del Seicento. Tra il 1752 e il 1762 in S. Tommaso si trasferì la confraternita del SS. Crocifisso che fino ad allora aveva avuto sede nella basilica di S. Felice. Negli anni seguenti i confratelli fecero ristrutturare l'edificio; i lavori, oltre all'innalzamento del calpestio, comportarono forse anche la creazione della sagrestia. La basilica di S. Tommaso intorno al 1824 fu abbandonata dalla confraternita del SS. Crocifisso che si trasferì nella basilica di S. Stefano, pur continuando ad utilizzare l'edificio come deposito. Anteriormente al 1876 il tetto rovinò e la basilica di S. Tommaso rimase abbandonata e priva di copertura; a seguito di una radicale ristrutturazione, eseguita tra il 1877 e il 1881, nella chiesa si trasferì la congrega del SS. Sacramento che fino ad allora si era radunata nella basilica di S. Felice. Per ripristinare la copertura, le pareti laterali furono demolite per un'altezza considerevole e ricostruite con blocchi squadrati di tufo che, nel perimetrale destro, s'impostarono su archi di scarico dalla singolare forma ondulata. Nella stessa occasione l'arco di trionfo venne murato per ricavare la sagrestia, le pareti furono decorate da immagini sacre incorniciate da modanature in stucco e sul lato sinistro della chiesa fu edificato il campanile. Nel 1963 l'arciconfraternita del SS. Sacramento dovette lasciare la chiesa per consentire l'esecuzione dei restauri e degli scavi che evidenziarono le varie fasi costruttive dell'edificio. I lavori comportarono l'abbassamento del calpestio, oltre alla demolizione dell'altare e della tamponatura dell'arco di trionfo.
Cominciamo la descrizione dell'edificio dall'esterno, dove dinanzi alla facciata, caratterizzata da due piccole monofore, si notano i resti del nartece e una tomba in laterizi. Sulla sinistra è il campanile, dalla singolare copertura a bulbo, che scavalca la stradina d'accesso proveniente dall'arco santo. A destra sono visibili una vasca in muratura e cinque dolia parzialmente interrati. Destinati a contenere olio, vino o granaglie, i dolia appartengono ad una sistemazione dell'area anteriore alla costruzione della basilica. La vasca, considerata la presenza dei gradini per consentire la pulizia, la levigatezza dell'intonaco e la mancanza di canali d'immissione, doveva essere destinata alla conservazione dell'olio. Se questa interpretazione è corretta, la struttura dovrebbe essere posteriore alla fine del Seicento, allorché il preposito Guadagni mise a dimora cinquanta olivi nel giardino del santuario. Nel caso in cui, invece, fosse una vasca vinaria andrebbe collegata alla presenza dei vendemmiatori che, intorno alla metà del Seicento, depositavano i loro attrezzi nella chiesa di S. Tommaso che allora non era officiata.
L'interno della basilica, a navata unica con soffitto a capriate e piccola abside, è stato sistemato ad auditorium nel 1988. Le grate metalliche, presso l'ingresso e davanti all'abside, lasciano intravedere alcune delle sepolture allora rinvenute, al di sotto del pavimento. La navata venne ideata per accogliere 84 tombe in muratura disposte in direzione est-ovest su due livelli separati da laterizi. Nell'abside, leggermente soprelevata, trovarono posto quattro tombe con orientamento est-ovest e una con asse nord-sud. I defunti furono sepolti con oggetti personali (orecchini, fibule, fibbie di cintura) e di corredo (brocchette), databili tra VI e VII secolo; alcuni dei più significati reperti sono esposti nell'antiquarium allestito nella basilica di S. Felice. Dell'edificio originario rimangono un tratto dell'arco di trionfo e la parte inferiore delle pareti costruite con piccoli blocchi di tufo. Nella parete destra sono presenti due porte con arco ribassato: quella più vicina all'abside è stata riaperta durante i restauri del 1963, mentre l'altra è tuttora murata. Le due aperture davano accesso ad ambienti laterali forse destinati alla preghiera o alla sepoltura.
Sulla parete destra della navata di S. Tommaso, subito dopo l'ingresso, è affissa un'epigrafe marmorea del 1686: il preposito Carlo Guadagni attribuisce erroneamente all'epoca di S. Paolino i volti affrescati sulla parete sinistra presso l'abside. In realtà le otto figure, che non hanno nulla a che vedere con le sottostanti sepolture, furono eseguite in tre epoche diverse: la Madonna regina e i quattro santi con aureole graffite risalgono al XIV secolo, il personaggio femminile con velo azzurro alla seconda metà del Seicento e i due tondi sulla destra alla fine dell'Ottocento, quando la chiesa divenne sede della confraternita del SS. Sacramento.
A questo periodo risalgono anche le cinque cornici in stucco con effigi di santi visibili sulle due pareti; a destra si riconoscono S. Antonio con Gesù Bambino, S. Lucia (?), S. Nicola, mentre a sinistra la Madonna con S. Gennaro e un altro vescovo e S. Felice che soccorre S. Massimo. Nella parte alta della parete destra, al di sopra del cornicione, s'intravede una specchiatura rettangolare con angoli arrotondati, appartenente anch'essa alla decorazione ottocentesca. Il vano arcuato visibile nella parete sinistra, presso l'ingresso, consentiva l'accesso alla cella campanaria.
Testo del prof. Carlo Ebanista
